Les champignons présentent trois inconvénients majeurs qui rendent plus aléatoire que pour d’autres groupes taxinomiques leur recensement et leur évaluation :
- ils ne se déterminent qu’à partir de leur appareil reproducteur, seule partie visible et identifiable par un naturaliste (donc pouvant être recensée sur une surface réelle), mais éphémère et d’apparition capricieuse ;
- ils sont nombreux (plus de 15 000 espèces en France, plus de 5 000 dans le N-PdC), leur étude requiert donc une spécialisation particulière (amateurs, passionnés, et une poignée de professionnels, très irrégulièrement répartis sur le territoire) ;
- ils sont plus ou moins liés à divers paramètres écologiques, trophiques, édaphiques, etc., les plus spécialisés (bio-indicateurs ou espèces-parapluies) demandent des prospections orientées sur leur habitat pour être spécifiquement recherchés.
