La spécialisation de nombreux champignons dans des milieux et à des conditions écologiques particulières en fait d’excellents bio-indicateurs. On peut même dire que ce sont les seuls micro-organismes (parmi les plus importants dans le fonctionnement des écosystèmes) qui soient visibles et identifiables à l’œil à un stade de leur existence. De ce fait, leur simple présence donne déjà des indications interprétables en terme de fonctionnalité du milieu, différentes de celles que fourniront plantes et macrofaune.
Selon les milieux, les espèces montrent une fructification imprédictible ou prédictible, voire régulière. Dans les milieux humides par exemple, deux ou trois ans, à raison de 4-6 visites par an, suffisent pour recenser les principales espèces. Dans les milieux particuliers comme les dunes, les prairies sèches etc., on peut assister à des apparitions massives et inattendues d’espèces rares, mais les espèces les plus caractéristiques ont une apparition prédictible et synchrone à certaines moments de l’année (en relation avec les précipitations, les chocs thermiques ou les remontées de nappe). Dans ces milieux souvent à haute valeur patrimoniale, il est possible de réaliser des recensements significatifs moyennant une pression de relevés adaptée durant plusieurs années. Les relevés aléatoires (proximité de spécialistes locaux, sorties mycologiques associatives, etc.), ne suffisent pas à obtenir un panorama significatif de la fonge d’une région, mais mettent souvent en évidence la présence parfois inattendue d’espèces rares dans des milieux plus ou moins remarquables mais négligés par les études floristiques ou faunistiques.
